Στο Μουσείο ο επισκέπτης μπορεί να περιηγηθεί στις 11 αίθουσες της μόνιμης έκθεσης και να ταξιδέψει στον κόσμο του Βυζαντίου, μέσα από θεματικές ενότητες που αφορούν στον καθημερινό και δημόσιο βίο, τη λατρεία και τα ταφικά έθιμα, την αρχιτεκτονική και την τέχνη, την εμπορική και εργαστηριακή δραστηριότητα και να ανακαλύψει τη συνέχεια και σχέση του χτες με το σήμερα. Το οπτικοακουστικό υλικό και οι οθόνες αφής που πλαισιώνουν τη μόνιμη έκθεση πληροφορούν για ειδικότερα ζητήματα, ολοκληρώνοντας την εικόνα του επισκέπτη για την ιστορία του Μουσείου.