Η αθέατη όψη του Μουσείου 

Η λειτουργία ενός μουσείου βασίζεται στην καλή οργάνωση των αποθηκών του και στην καλή λειτουργία των εργαστηρίων του. Το Μουσείο Βυζαντινού Πολιτισμού διαθέτει αποθηκευτικούς και εργαστηριακούς χώρους έκτασης περίπου 5.000 τ.μ., σχεδόν διπλάσιους δηλαδή των εκθεσιακών του χώρων.

Εργαστήρια συντήρησης
Λειτουργούν επτά διαφορετικά εργαστήρια, το καθένα από τα οποία ειδικεύεται στη συντήρηση ενός είδους αρχαιολογικού υλικού ή συγγενικών μεταξύ τους ως προς τη συντήρηση υλικών: εργαστήριο συντήρησης ξύλου και εικόνας, εργαστήριο συντήρησης κεραμικών και γυαλιού, εργαστήριο συντήρησης μετάλλινων αντικειμένων, εργαστήριο συντήρησης χαρτιού και περγαμηνής, εργαστήριο συντήρησης ψηφιδωτού, εργαστήριο συντήρησης τοιχογραφιών και εργαστήριο συντήρησης πέτρας και μαρμάρου. Επιπλέον το Μουσείο διαθέτει χώρο προσωρινής εναπόθεσης του αρχαιολογικού υλικού, όπου γίνεται ο πρώτος καθαρισμός και από όπου το υλικό προωθείται στα επιμέρους εργαστήρια.

Οι επεμβάσεις που δέχονται τα αντικείμενα κατά τη διαδικασία της συντήρησης όχι μόνο τα προστατεύουν από την περαιτέρω φθορά του χρόνου, αλλά και αποκαθιστούν όσο είναι δυνατό την αρχική τους μορφή, ώστε να μπορέσουν κατόπιν οι ειδικοί να τα μελετήσουν, να εξαγάγουν χρήσιμα στοιχεία και συμπεράσματα για τα ίδια αλλά και την εποχή που τα δημιούργησε και, αν κρίνουν σκόπιμο, να τα συμπεριλάβουν στις εκθέσεις του μουσείου.

Ο καθαρισμός της ζωγραφικής επιφάνειας μιας εικόνας θεωρείται μια από τις πιο λεπτές και δύσκολες εργασίες. Στοχεύει στη σταδιακή και ελεγχόμενη απομάκρυνση ρύπων και οξειδωμένου βερνικιού -τα οποία αλλοιώνουν τη χρωματική γκάμα και την όψη του έργου- με τρόπο ώστε να διασφαλιστεί η ακεραιότητα της ζωγραφικής και να επιτευχθεί ομοιόμορφος και ικανοποιητικός βαθμός καθαρισμού, με σεβασμό στη φυσική πάτινα του χρόνου.

Ο καθαρισμός των νομισμάτων και των μικρών μεταλλικών αντικειμένων, όπως για παράδειγμα τα κοσμήματα, γίνεται στο μικροσκόπιο, με τη χρήση του νυστεριού, της βελόνας ή της ακίδας. Για τον σκοπό αυτό μπορεί επίσης να χρησιμοποιηθεί το υπερηχητικό ξέστρο με πεπιεσμένο αέρα.

Τα κομμάτια ενός κεραμικού συγκολλούνται προκειμένου να δώσουν την όσο το δυνατόν πληρέστερη μορφή του αγγείου. Η συμπλήρωση χαμένων τμημάτων είναι συχνά επιθυμητή ή και απαραίτητη, όχι μόνο για λόγους στατικής και ενίσχυσης του αγγείου, αλλά και για λόγους αισθητικής, καθώς και για την καλύτερη κατανόηση του σχήματος του αγγείου από τον παρατηρητή.

Αρχαιολογικές αποθήκες
Οι αποθήκες του Μουσείου έτυχαν ιδιαίτερης μέριμνας και διαμορφώθηκαν κατάλληλα, ώστε τα διάφορα είδη των αρχαιολογικών ευρημάτων να φυλάσσονται σε συνθήκες σύμφωνα με τις διεθνείς προδιαγραφές (κατάλληλες συνθήκες υγρασίας, θερμοκρασίας και φωτισμού, χρήση συμβατών με τα αντικείμενα υλικών).

Στις αρχαιολογικές αποθήκες του Μουσείου Βυζαντινού Πολιτισμού υιοθετήθηκαν λύσεις που χρησιμοποιεί η βιομηχανική αποθήκευση, όπως η αποθήκευση γλυπτών σε ράφια με παλέτες που μετακινούνται με περονοφόρο μηχάνημα και ανάρτηση εικόνων και ψηφιδωτών σε κατακόρυφα κυλιόμενα τελάρα.

Ένας πιο ανορθόδοξος τρόπος αποθήκευσης υιοθετήθηκε για τους αμφορείς, που ανακαλεί την πρωταρχική χρήση τους για τη μεταφορά κρασιού ή λαδιού. Οι αμφορείς αποθηκεύτηκαν ο ένας πάνω στον άλλο σε ένα ομοίωμα βυζαντινού καραβιού, με τον τρόπο που στοιβάζονταν στα αμπάρια των εμπορικών πλοίων κατά την αρχαιότητα. Η κατασκευή του καραβιού βασίστηκε στα στοιχεία που δίνει η μελέτη ναυαγίων, ιδιαίτερα του ναυαγίου του Yassi Ada στα παράλια της Μικράς Ασίας.
Το εγχείρημα πραγματοποιήθηκε χάρη στη γενναιόδωρη χορηγία της εταιρείας «Παπαστράτος ΑΒΕΣ».