Πιο συγκεκριμένα, οι στόχοι των προγραμμάτων είναι η γνωριμία με τον βυζαντινό πολιτισμό, η σύνδεση του παρελθόντος με το παρόν μέσω της βιωματικής προσέγγισης των αντικειμένων και του χώρου, όπως και η ανάπτυξη των δεξιοτήτων και των ικανοτήτων των μαθητών. Για την επίτευξη των παραπάνω οι μέθοδοι που χρησιμοποιούνται κατά την υλοποίηση των εκπαιδευτικών προγραμμάτων του Μ.Β.Π. είναι ποικίλες. Ενδεικτικά αναφέρεται η διαλεκτική, που βασίζεται στο συνεχή διάλογο με τους μαθητές, η δεικτική, δηλαδή η παρουσίαση εποπτικού υλικού (διαφάνειες, μακέτες, αναπαραστάσεις αντικειμένων, κλπ), η έρευνα που γίνεται με φύλλα εργασίας, η βιωματική προσέγγιση, η δραματοποίηση μέσα από το θεατρικό παιχνίδι, καθώς και η δημιουργική έκφραση στα εργαστήρια. Έτσι, η επίσκεψη στο μουσείο γίνεται ευχάριστη εμπειρία και παράλληλα δίνεται η αφορμή για ποικίλες δραστηριότητες μέσα στην τάξη.

Επιπλέον το Μουσείο εξέδωσε βιβλία για τον εκπαιδευτικό που περιλαμβάνουν πληροφορίες για τα εκπαιδευτικά προγράμματα και τη μουσειοπαιδαγωγική καθώς και αναλυτική περιγραφή των προγραμμάτων «Το Βυζάντιο μετά το Βυζάντιο», «Ανακαλύπτοντας το παρελθόν», «Παίζουμε ανασκαφή;» και «Γνωρίζω τις βυζαντινές εικόνες». Τα βιβλία δίνονται δωρεάν στους εκπαιδευτικούς που συμμετέχουν στα αντίστοιχα εκπαιδευτικά προγράμματα.

Τα έντυπα συγχρηματοδοτήθηκαν από το Γ' Κ.Π.Σ., Επιχειρησιακό Πρόγραμμα «Πολιτισμός».